羅湖區/龍崗區方向

E6路（大站快車）：龍崗汽車總站→香港大學深圳醫院（需在福田交通樞紐換乘M561）

高快巴士60路：龍崗中心城→香港大學深圳醫院（早高峰班次，需提前查詢）

福田/南山方向

M561路：僑城東地鐵站→香港大學深圳醫院（西門）

B706路：深南香蜜立交→香港大學深圳醫院（東門）

M487路：紅樹灣地鐵站→香港大學深圳醫院（東門）

B729路：白石洲東→香港大學深圳醫院（經停東門）

寶安區方向

M413路：沙井中心客運站→福田交通樞紐，換乘M561路直達。

乘坐1號線羅寶線，於僑城東站下車（C1出口）步行約10分鐘

乘坐9號線，於深圳灣公園站下車（D1出口）步行約5分鐘

從寶安區前來

在廣深公路向南行駛，轉入北環大道後向東直駛，經過沙河西路後右駛進入沙河東路，然後在白石路左轉，經過深灣五路和歡樂海岸後，右轉進入海園二路，在加油站前左轉，駛進海園一路。

從南山區前來

在濱海大道駛往福田區，經過沙河東路之後，右轉入深灣五路，進入白石路之後右轉駛入海園二路，在加油站前左轉，駛進海園一路。

從羅湖和福田區前來

在濱河大道向西駕駛，進入濱海大道，經過紅樹林路，在僑城東路前進入輔道直行，右轉進入海園一路。

西門（海園一路）：為就診車輛主要出入口，設有2道入口2道出口，24小時開放。同時，醫院為計程車配備了專用快速通道。
北門（白石路）：僅出口，開放時間24小時。
南門（濱海大道）：設置車輛出入口。